大部分人认为骨髓移植后病情就能完全治愈，就万事大吉了，什么也不考虑了，也就放松警惕了，孰不知没有任何一种治疗可以保证是100%根治，骨髓移植也不例外，衡量移植后是否复发的疗效指标往往是5年无病生存率(DFS)，某种治疗方法DFS越高，其复发率相对就越小。
移植后是否会复发与疾病的类型、移植前疾病的状态、移植方法、移植后的检测等多种因素相关。
一、疾病的类型：一般来说，慢性粒细胞白血病是白血病里移植********的，5年DFS在60-80%左右，急性白血病5年DFS40-80%，早期再障移植5年DFS60-80%，地中海贫血移植后只要度过移植后相关并发症，都 可以治愈。而PH染色体阳性的急淋则移植效果不是很理想。
二 、移植前的疾病状态：白血病、淋巴瘤、骨髓瘤等血液肿瘤民生疾病都应在系统化疗后，肿瘤细胞最少时进行移植比较好，复发率小，否则复发率极高。
 三、移植方法：一般来说，较之骨髓移植、脐带血移植，外周造血干细胞移植复发率小。
四、移植后的检测：移植后如果能定期复查微小残留病灶（如慢粒可以检测融合基因），及早发现复发征象，并采取积极的补救措施亦能提高疗效，减少复发的机会。